В общем виде команда выглядит так:
mkfs -t ext2 /dev/hda5
Для создания FAT32 можно воспользоваться такой командой:
mkfs -t vfat /dev/hda5
В Debian, чтобы было доступно создание файловых систем FAT и FAT32 требуется установить пакет dosfstools.