Если есть файл со списком файлов, то можно создать архив, в который будут помещены только файлы из списка.

Пример.

Пусть есть файл files.txt со следующим содержимым:

./data/nesfiles/000000002/000000591/1403788620wyt61a6q0x.pdf

./data/nesfiles/000000002/000000647/1403788667scoenv5c1g.pdf

./data/nesfiles/000000002/000001097/1405094490dpzea16lt0.pdf

./data/nesfiles/000000002/000001098/14059309683h0spuhl7z.pdf

./data/nesfiles/000000002/000001111/14050944657j9kp0k10n.pdf

Тогда, чтобы создать архив с этими файлами, можно использовать команду:

zip -r files.zip . -i@files.txt

Данную команду нужно выполнять в каталоге, в котором находится подкаталог data.