Для дефрагментации ext4 можно воспользоваться программой e4defrag.

Если ее нет в системе, взять можно отсюда:

git clone git://git.kernel.org/pub/scm/fs/ext2/e2fsprogs.git

Возможно, что эта программа может лежать в пакете e2fsprogs.

Команда дефрагментации:

e4defrag /dev/sda1