Допустим, имеется 3 аудиофайла, которые нужно склеить с паузами в 1 секунду между ними:

ffmpeg -i 1.mp3 -i 2.mp3 -i 3.mp3 -f lavfi -i anullsrc -filter_complex \

"[3]atrim=duration=1[g1];[3]atrim=duration=3[g2];

[0][g1][1][g2][2]concat=n=5:v=0:a=1" out.mp3

Если при этом аудиофайлы нужно ещё и обрезать, то:

ffmpeg -i 1.mp3 -i 2.mp3 -i 3.mp3 -f lavfi -i anullsrc -filter_complex \

"[0]atrim=duration=20[t0];[1]atrim=duration=120[t1];[2]atrim=duration=45[t2];

[3]atrim=duration=1[g1];[3]atrim=duration=3[g2];

[t0][g1][t1][g2][t2]concat=n=5:v=0:a=1" out.mp3