Чтобы склонировать репозиторий с SSH-ключами, отличными от ключей по умолчанию, можно воспользоваться следующим подходом:
git -c core.sshCommand="ssh -i ~/.ssh/another_id_rsa" clone host:repo.git
После клонирования можно установить сменить ключи для этого репозитория на постоянной основе:
git config core.sshCommand "ssh -i ~/.ssh/another_id_rsa"