Чтобы скачать репозиторий с подмодулями в Git, необходимо выполнить следующую команду:

git clone --recurse-submodules -j8 git://github.com/foo/bar.git

Флаг -j8 позволяет параллельно скачивать до 8 подмодулей. Доступно с версии Git 2.8.

В более старых версиях Git:

git clone --recursive git://github.com/foo/bar.git

Скачать подмодули после скачивания основного репозитория:

git submodule update --init