Если на удаленном сервере сделан пустой (bare) репозитарий, то чтобы начать в нем работать и создать в нем ветку master, надо выполнить следующие действия.

В начале, в пустой директории, в которой будет находиться Git-проект, надо проинициализировать git-репозитарий:

git init

В результате будет создана директория .git с начальными настройками.

Далее надо создать первые файлы проекта и сохранить их в индекс:

git add . (да, команда с точечкой в конце)

После этого можно наблюдать следующий эффект: если выполнить команду git branch, то она выведет пустой список. Даже ветки master не будет. Но если выполнить git gui, то в интерфейсе будет написано, что проект находится на ветке master.

Текущая ветка: master

Как так получается - непонятно, но что есть, то есть.

Далее необходимо нажать:

Внешние репозитарии - Добавить

Откроется окно Добавить внешний репозитарий. В нем надо указать следующие данные:

Название: origin

Положение: ssh://имя_сервера/home/git/имя_репозитария.git (или как-то так)

Так же надо обязательно установить галку [v] Инициализировать внешний репозитарий и отправить.

После этого надо нажать кнопку Добавить.

Если теперь выйти из графического интерфейса и дать комнду git branch, то будет показана активная ветка master.

После выполнения всех вышеуказанных настроек, можно продолжать работать как в полноценно проиницализированном репозитарии. Кроме того, на удаленном репозитарии будет создана ветка master, и локальная ветка master будет связана с удаленной веткой master. При выполнении данных действий локальный и внешний репозитарий будут не только проинициализированы, но и произойдет коммит первых файлов проекта.