Чтобы удалить файл из индекса, не удаляя его в рабочей директории, можно дать команду:

git rm --cached <file>

эта команда удалит файл из индекса, оставив его при этом в рабочем каталоге.

Для удаления папки (рекурсивно) можно сделать так:

git rm -r --cached <folderName>

Такое действие иногда нужно делать после того, как, некий тип файла (например, *.autosave) был помещен в .gitignore. Ели файлы этого типа были помещены в репозитарий и стали отслеживаться до того момента, когда данный тип был прописан в .gitignore, то такие файлы, успевшие попасть в индекс, git будет продолжать отслежить. А новые попадать в индекс не будут. И для того, чтобы убрать файлы *autosave из индекса, не нарушив работу среды разработки, можно использовать вышеприведенную команду.