В домашней директории создаём файл  .gitconfig, вписываем туда свой proxy:

[http]

proxy = 77.xxx.xxx.xxx:8123

И теперь при скачивании указываем:

git clone http://github.com/scrooloose/vimfiles.git

Т. е., надо просто git:// заменить на http://, тогда все работает.

Пока не получилось сделать как http://blogs.gnome.org/juanje/2009/07/17/git_behind_proxy/ 

При работе с bitbucket.org через https возникла следующая ошибка:

error: Couldn't resolve proxy '%http_proxy%' while accessing https://xxxxx@bitbucket.org/xxxx/xxxx/info/refs

fatal: HTTP request failed

Помогло измерение в файле .gitconfig

[http]

proxy = https://xx.xx.xxx.xx:8080/