Можно сделать тип поля составным.

Двух вариантов - Строка и СправочникСсылка.

После чего, тип "Строка" можно будет отключить.

То есть, в типе поля в конфигураторе можно выбрать не один тип, а несколько. Для этого надо нажать кнопку с тремя точками [...].

Тогда в реквизите будет два значения храниться "Тип" и "Значение".

Старые значения будут "Строка" и "Значение строки", новые надо заполнить как "СправочникСсылка" и "Значение ссылки".