Для строк:

>>> n = '4'

>>> print(n.zfill(3))

004

Для чисел:

>>> n = 4

>>> print('%03d' % n)

004

>>> print(format(n, '03')) # python >= 2.6

004

>>> print('{0:03d}'.format(n)) # python >= 2.6

004

>>> print('{foo:03d}'.format(foo=n)) # python >= 2.6

004

>>> print('{:03d}'.format(n)) # python >= 2.7 + python3

004

>>> print('{0:03d}'.format(n)) # python 3

004

>>> print(f'{n:03}') # python >= 3.6

004