Создать бэкап данных приложения:

docker exec -t <your container name> gitlab-rake gitlab:backup:create

После этого файл бэкапа должен появиться в примонтированном к /opt/gitlab/ тому.

Создать бэкап конфигурации и секретных данных:

docker exec -t <your container name> /bin/sh -c 'umask 0077; tar cfz /secret/gitlab/backups/$(date "+etc-gitlab-\%s.tgz") -C / etc/gitlab'