Вначале надо прописать в /etc/apt/apt.conf сроки вида

Acquire::http::Proxy="http://username:pass@192.168.1.1:3128";

Acquire::ftp::Proxy="http://username:pass@192.168.1.1:3128";

Если не работает, надо попробовать прописать опцию:

Acquire::::Proxy "true";

Если с этими строками не заработает, надо поставить слеш в конце адреса:

Acquire::http::Proxy="http://username:pass@192.168.1.1:3128/";

Acquire::ftp::Proxy="http://username:pass@192.168.1.1:3128/";

Если и так не заработает, надо попробовать дать команды

export http_proxy="http://username:pass@192.168.1.1:3128"

export ftp_proxy="http://username:pass@192.168.1.1:3128"

и выполнить apt-get. Если заработало, то эти команды надо прописать в файле /etc/profile.