Если постянный запуск Apache или MySql не требуется, автозапуск можно отключить в управлении сервисами.
Чтобы запускать Apache или MySql по необходимости, можно воспользоваться следующими командами (команды отдаются от рута).
Старт Apache:
# sudo /etc/init.d/apache2 start
Останов Apache:
# sudo /etc/init.d/apache2 stop
Старт MySql:
# sudo /etc/init.d/mysql start
Останов MySql:
# sudo /etc/init.d/mysql start