После нескольких дней и бессонных ночей, наконец-таки смог запустить поддержку SQLite 3 в CodeIgniter 2.1.2. О том как заставить работать PDO-драйвер с базами данных в формате SQLite 3, написана новая статья:

Работа базы SQLite 3 в CodeIgniter 2

Краткая аннотация к статье:

В популярном веб-фреймверке CodeIgniter с поддержкой БД в формате SQLite 3 всё не слава богу. В устаревшем CodeIgniter (версии 1.7.x) ситуация была настолько запущена, что пришлось делать самодельный драйвер. Спустя пару лет, мы наблюдаем то же самое в CodeIgniter 2...