Рецепт очень простой.

Чтобы заменить в фильме звуковую дорожку и вывести результат в файл out.avi, делаем так:

$ mencoder исходный_файл.avi -ovc copy -oac copy -audiofile файл_со_звуком.mp3 -o out.avi

Нужно помнить, что после этого действия оригинальной дорожки в результирующем видеоролике не останется. Другими словами, данная команда именно заменяет звуковую дорожку, а не добавляет еще одну.