Чтобы удалить ненужные части из видеопотока, можно воспользоваться EDL-файлом.

Изначально EDL-файл предназначен для того, чтобы при просмотре фильма скрывать некоторые части видео или приглушать звук в некоторымх местах. Для физического удаления части видеоролика можно воспользоваться тем фактом, что при переконвертации через mencoder, в конечный поток не попадают скрытые через EDL-файл части видео.

Вначале нужно сделать EDL-файл. Это текстовый файл простейшего формата. В каждой строке находится одна команда, которая указывает, что делать и когда. Возможные действия - "пропустить фрагмент видео" или "заглушить звук".

Текущий формат файлов EDL:

[начальная секунда] [конечная секунда] [действие]

Где секунды - это числа с плавающей точкой (вещественные числа), а действие это:

• 0 - пропуск видео 
• 1 - заглушение звука. 

Пример:

5.3 7.1 0

15 16.7 1

420 422 0

EDL-файл с таким содержимым вызовет пропуск видео с 5.3 секунды до 7.1 секунды, затем заглушит звук на 15 секунде, включит обратно на 16.7 секунде и пропустит видео с 420 по 422 секунды. 

Просмотр с использованием EDL-файла запускается так:

mplayer -edl <edl_файл> <видео_файл>

Удаление произвольных частей в видеофайле выглядит так:

mencoder <исходный_видео_файл> -edl <edl_файл> -ovc copy -oac copy -o <конечный_видео_файл>

Впринципе, несложно. Однако, как показывает поиск в интернете, немногие знают, как сделать с видеофайлом такое популярное действие.