Придумал еще один вариант. Создать специальный скрипт, который будет открывать папку со всеми прикрепленными файлами по нажатии отдельной кнопки или хоткея.
Например: нажимаете комбинацию клавиш - и открывается новое окно, в котором будут находится ваши прикрепленные к данной заметке файлы в различных вариантах:
1. Прикрепленные файлы.
2. Прикрепленные файлы в виде символьных ссылок на файлы оригиналы. (Будет создана временная специальная папка для них, в которой не будет html составляющей самой заметки)
3. Будет открыто новое окно самой заметки с прикрепленными файлами.
4. Будет открыта новая папка, в которой будут созданы только ярлыки на прикрепленные файлы.
Хотя ещё раз подумал, и понял что это получится в некотором роде дублирование уже имеющегося функционала.
Лучше всего делать http специальные ссылки и перехватывать их, примерно как перехватывают менеджеры закачек.
В итоге - простого быстрого решения, над которым не придется долго думать, на данный момент не существует. Нужно делать велосипед.