Подсистема управления пакетами apt состоит из нескольких частей, и сама является надстройкой над подсистемой управления пакетами dpkg. Поэтому в ней используется несколько системных каталогов, в которых в том или ином формате хранится различная информация о пакетной базе.

Ниже дан перечень каталогов и файлов с примерным объяснением для чего он служит.

• /var/lib/dpkg - каталог внутренней информации подсистемы dpkg
• /var/lib/dpkg/status - файл состояния пакетов, используется в dpkg
• /var/lib/dpkg/available - файл доступных пакетов в dpkg
• /var/cache/apt/archives - каталог кеша скачанных через apt пакетов
• /var/lib/apt/lists - каталог кеша (индекса?) доступных в репозитариях пакетов. По-сути, в нем скапливаются файлы репозитариев Packages.gz, информационные файлы Release, файлы pgp-ключей.

• /var/lib/aptitude - служебный каталог aptitude, в нем могут скапливаться запланированные действия aptitude. Иногда его очистка помогает, если сам aptitude по каким-то причинам не может отменить свои собственные действия в одной сессии до применения действий.

Как видно из этих данных, файл /var/lib/dpkg/available и каталог /var/lib/apt/lists выполняют одну и ту же функцию, причем файл принадлежит dpkg, а каталог - apt. И они должны каким-то образом синхронизироваться. Предполагается, что это происходит автоматически при выполнении команд dpkg/apt/apt-*, однако на деле могут возникать ситуации, когда соответствие данных в этих двух структурах нарушается. В этом случае пакетная подсистема начинает вести себя неадекватно, и нужно предпринимать специальные меры чтобы восстановить нормальную работу.