Если попытаться установить программу из deb-файла, то даже если в этом пакете будут прописаны зависимости, они не будут устанавливаться из прописанного в системе репозитария. Для решения этой проблемы можно выполнить следующие действия.

Копируем нужный для установки deb-файл в следующий каталог:

/var/cache/apt/archives/

И даем команду установки будто это обычный пакет:

apt-get install "имя deb файла без расширения"

или

aptitude install "имя deb файла без расширения"

Важно обратить внимание, что имя файла пакета указывается в этих командах без расширения.

В процессе установки apt/aptitude сам предложит установить все необходимые пакеты.

Программе apt-get можно добавить опцию -y, благодаря которой все зависимости будут ставиться автоматически, на спрашивая подтверждения на установку.