Подсистема apt/dpkg в Debian очень неустойчивая, и иногда может приходить в неконсистентное состояние. Выясняется это зачастую по косвенным признакам, например пакеты, которые гарантированно имеются в стандартном репозитарии, просто не видны для команд apt и dpkg. При этом обновление через apt update не показывает никаких ошибок.

Что делать? Как заставить пакетный менеджер обновить информацию о пакетах и заставить его увидеть все пакеты в репозитарии?

Далее приведены команды, которые могут помочь:

apt-get clean

rm -r -f /var/lib/apt/lists/*

apt -f install

apt update

Могут - не значит точно что помогут. Но в некоторых случаях данных команд достаточно.

Как убедиться, что стали видны все пакеты? Для этого надо попробовать либо поставить тот пакет, который ранее не мог установиться. Либо, если пользователь знает примерно количество пакетов в подключенных репозитариях, можно воспользоваться командой:

apt list | wc -l

Если выданное число совсем не соответствует нужному, то есть гораздо меньше чем то количество пакетов которое должно быть, значит пакетная база не восстановилась и нужно придумывать что-то еще.