Я могу смело утверждать что эта проблема была в версии 1.42, ибо когда я писал пост с проблемой я еще не перешел на новую версию
А вы не можете вспомнить, она у вас появилась на голом месте, или в момент, когда вы настраивали синхронизацию? Например, в тот же день, или в момент, когда у вас засинхронизировались все инстансы, ну в общем когда синхронизация наконец заработала? Неважно, что вы использовали - Git или DropBox.
Или, например, вы решили поменять пароль, сделали это на первом инстансе и проблема появилась в момент, когда изменения с новым паролем прилетели на второй инстанс.
Или например в первом инстансе вы расшифровали все ветки, а потом зашифровали ветку с новым паролем. И когда эти изменения прилители на второй инстанс, произошло ой.
На ровном месте я не могу повторить проблему. Но вспоминаю, что были какие-то проблемы, по-моему когда решил сменить пароль, и смена пароля накатилась на компьютер со вторым инстансом. Из-за того, что на втором компьютере была включена галка "Запомнить пароль", хеш этого пароля из conf.ini уже не подходил к по-новому зашифрованным данным. И получилась чехорда. Пришлось вручную править conf.ini - обнулить passwordMiddleHash и установить passwordSaveFlag=false. Может, у вас это произошло?