Предполагая, что база знаний будет достаточно большой со временем, в том числе за счет объединения с другими, вопросы:
1.    Можно ли сделать поиск не только по меткам, названиям и текстам заметок, но и по названиям веток и подветок? Когда дерево разрастется, не всегда упомнишь, или просто не знаешь при объединении баз, что где-то уже есть подходящая подветочка. В принципе, название ветки – это ведь тоже, своего рода, метка. Как Вы верно пишите в руководстве, «свойство из сохраняемой информации[, которое] вы считаете наиболее важным». Может случиться и так, что организовав подветку, ее название не будет дублировано ни в метках, ни в заметках.
2.    Есть ли возможность увидеть весь список уже имеющихся меток?
3.    Есть ли возможность при назначении меток, предоставлять выбор из уже имеющегося списка? Просто, чтобы они не разрастались из-за различий в написании.
4.    Раз уж ветки и метки в чем-то родственные, есть ли смысл организовывать метки в иерархию. Поможет ли это поиску нужной информации?