Если в консольном RAR просто задать пароль шифрования архива через опцию -p, то будут зашифрованы только данные файлов. Имена файлов, их атрибуты и прочая информация будет незашифрована.

Если нужно зашифровать как само содержимое файлов, так и имена файлов, можно воспользоваться опцией -hp.

Пример:

rar a -hpНекийПароль secret report.txt

Дополнение. Вот что говорит по этому поводу документация с официального сайта:

Ключ -hp[пароль] — зашифровать и данные, и заголовки файлов

Как и ключ -p[пароль], этот ключ включает режим шифрования архива, однако при этом шифруются не только содержащиеся в файлах данные, но и другая отображаемая информация, например, имена файлов. При указании этого ключа шифруются все важные области архива, включая данные файлов, имена файлов, размеры, атрибуты, комментарии и другие блоки, благодаря чему обеспечивается более высокая степень защиты.

Архив, зашифрованный с ключом -hp, без пароля невозможно не только распаковать, но даже просмотреть список содержащихся в нём файлов.