Чтобы включить в RAR архив файлы и директории, начинающиеся с символа точки (так называемые скрытые или dot-файлы), можно сделать следующее.

Вместо звездочки (*) в команде создания архива можно поставить точку (.). Тогда все dot- файлы будут включены в архив.

Например, вместо команды:

rar a -r archiveName *

можно написать:

rar a -r archiveName .

Этот же принцип работает и при формировании команды утилиты Tar:

tar czf mysite.tar.gz /var/www/html/mysite/* - Упаковка без скрытых файлов

tar czf mysite.tar.gz /var/www/html/mysite/. - Упаковка со скрытыми файлами