Для того, чтобы прочитать данные из файла достаточно создать объект типа Scanner:

Scanner in = new Scanner(Path.of("my/path/file.txt"), StandardCharsets.UTF-8);

Чтение из файла с помощью объекта класса Scanner осуществляется с помощью тех же методов, что и пользовательский ввод.

Для записи в файл необходимо использовать класс PrintWriter, указав в его конструкторе имя файла:

PrintWriter out = new PrintWriter("my/path/file.txt", StandardCharsets.UTF-8);

Запись в файл осуществляется с помощью методов print(), println() и printf().

Если Scanner пытается открыть несуществующий файл или PrintWriter файл, который невозможно создать, возбуждается исключение IOException.

(Если не обрабатывать исключения, нужно указать компилятору явно, что они пробрасываются наружу добавив в сигнутуру метода throws IOException)

pyblic static void main(String[] main) throws IOException

Если программа запускается из командной строки, то можно воспользоваться синтаксисом перенаправлений потоков, чтобы перенаправить файлы на стандартные потоки ввода-вывода System.in и System.out:

$ java MyProg < myfile.txt > outfile.txt