Для того, чтобы создать комментарий в документе Markdown, можно воспользоваться стандартными HTML-тэгами:

<!---

your comment goes here

and here

-->

Обратите внимание на тройной "минус" в открывающем тэге — некоторые парсеры Markdown распознают такой формат и удалят комментарий полностью. Другие парсеры могут добавить его в итоговый HTML-документ, так что комментарий будет виден через функцию "view source".