В файл my.cnf нужно внести следующие строки:

[mysqld]
init_connect='SET collation_connection = utf8_unicode_ci'
character-set-server = utf8
collation-server = utf8_unicode_ci

[client]
default-character-set = utf8

После этого перезапустить mysqld и проверить результат следующими командами

mysql> SHOW VARIABLES LIKE 'character%';

+--------------------------+----------------------------+

| Variable_name            | Value                      |

+--------------------------+----------------------------+

| character_set_client     | utf8                       |

| character_set_connection | utf8                       |

| character_set_database   | utf8                       |

| character_set_filesystem | binary                     |

| character_set_results    | utf8                       |

| character_set_server     | utf8                       |

| character_set_system     | utf8                       |

| character_sets_dir       | /usr/share/mysql/charsets/ |

+--------------------------+----------------------------+

mysql> SHOW VARIABLES LIKE 'collation%';

+----------------------+-----------------+

| Variable_name        | Value           |

+----------------------+-----------------+

| collation_connection | utf8_unicode_ci |

| collation_database   | utf8_unicode_ci |

| collation_server     | utf8_unicode_ci |

+----------------------+-----------------+

Обратите внимание, что при соединении через mysql пользователем с привелегией SUPER, команду SET collation_connection = utf8_unicode_ci нужно будет выполнить самостоятельно, иначе результат будет таким:

mysql> SHOW VARIABLES LIKE 'collation%';

+----------------------+---------------------+

| Variable_name | Value |

+----------------------+---------------------+

| collation_connection | **utf8_general_ci** |

| collation_database | utf8_unicode_ci |

| collation_server | utf8_unicode_ci |

+----------------------+---------------------+