Рассмотреть системы:

Rsnapshot (в базе свое имеет rsync)

Примерно такой алгоритм:
1. На сервере есть директория srv:/data
2. Копируем её рсинком на бекапный сервер в backup:/data
3. Потом на бекапном сервере cp -al /data /data_20150216 (при желании можно добавить суффиксы _weekly, _daily и т.д.)
4. На следующий день опять рсинкаем srv:/data в backup:/data (но копируются только те файлы, которые изменились)
5. cp -al /data /data_20150217

rsnapshot именно rsync и использует, даёт автоматизацию и rotation-копий.

Bacula

Bareos

Mondo (режим текстового интерфейса и командной строки)

Backupninja

Zbackup

StoreBackup

для резервного копирования на домешнем сервере использую StoreBackup
как 2 года назад настроил, так все и работает, хотя винт с системой всего 40 GB
именно эа программа понравилась тем, что делает инкрементальные бекапы.
резервное копирование у меня выполняется каждый день, но в бекапе те файлы, которые не менялись за день заменяются ссылками на тот же файл из полного бекапа, а измененные — ложатся сжатые gzip'ом. таким образом все эти бекапы занимают очень мало места, и вы можете позволить себе делать их чаще.

Места хранения

Dropbox

Яндекс Диск

Selectel

GitHub

Домашний NAS