1. Создаем проект и выбираем рабочую СК.

2. Добавляем готовый шейп-файл. В свойствах указываем его проекцию. Вариант собственно может быть один - СК в которой создавались данные. Другого быть не может.

3. Строим карту. При этом в проекте может быть одна СК, у данных своя. При этом мы можем спокойно рисовать объекты. Программа на лету пересчитывает координаты.

4. Если на слой перепроецировать, то просто пересохраняем его в требуемую проекцию. Но и на этом шаге надо выбрать всего одну проекцию.