Допустим, что в ~/.ssh/config прописаны персональные ключи для домена pgithub.com:

Host *

  AddKeysToAgent yes

  UseKeychain yes

Host pgithub.com

  Hostname github.com

  IdentityFile ~/.ssh/personal_id_rsa

  IdentitiesOnly yes

Тогда для клонирования репозитория с использованием нужных ключей можно использовать следующую функцию fish:

$ cat ~/.config/fish/functions/github_clone_personal.fish

function github_clone_personal --description "Clone repo from GitHub using personal SSH keys and set up proper user.email"

    set REWRITTEN_URL (echo $argv[1] | string replace "github.com" "pgithub.com")

    set DIRNAME (echo $argv[1] | string split "/" | tail -n 1 | string replace ".git" "")

    git clone $REWRITTEN_URL

    echo "cd $DIRNAME; and git config --local user.email \"and-semakin@ya.ru\"; and git config --local user.name \"Andrey Semakin\"" | fish /dev/stdin

end