Известный баг в IPython 6+, связанный с выводом лишних логов от нижележащей библиотеки. Зачастую эти логи вываливаются по нажатию клавиши Tab и разрывают набранный текст. Чинится следующий образом:

import logging

logging.getLogger('parso.python.diff').disabled = True