Возможно, представленные шаги потребуют адаптации. В примере используется Alembic через Flask-Migrate .

Сложить все миграции в одну "инициализирующую" миграцию:

1. Удалить таблицу alembic_version:

sql> TRUNCATE TABLE alembic_version;

2. Удалить директорию migrations:

rm -rf migrations

3. Сгенерировать директорию migrations с нуля:

python manage.py db init

4. Создать схему БД в одну миграцию:

python manage.py db migrate

5. Применить оставшиеся миграции (если БД уже не в последнем состоянии):

python manage.py db upgrade