Cygwin/X is a port of the X Window System to the Cygwin API layer for the Microsoft Windows family of operating systems.

Для задания параметров клавиатуры используется программа setxkbmap. Она устанвливается с помощью менеджера пакетов Cygwin.

Установка переключения раскладки по нажатию Ctrl + Shift выполняется коммандной:

$ setxkbmap -layout en_US,ru -option grp:ctrl_shift_toggle

Если Cygwin/X используется в многооконном режиме, то запускается командой startxwin. В таком случае, чтобы выполнять настройку переключения раскладки при каждом запуске Cygwin/X, ее стоит добавить в файл ~/.startxwinrc. Подробнее про запуск Cygwin/X здесь.

Удобно, если в Microsoft Windows переключение раскладки выполняется такой же комбинацией. В таком случае индикатором текущей раскладки от Microsoft Windows можно пользоваться и для программ, работающих под Cygwin/X.