Ipython3 устанавливается для только одной версии python3 (той, которая первая в PATH??). Поэтому нужно отдельно создать скрипт запуска для остальных:

cd /usr/local/bin

sudo cp ipython3 ipython3.6

sudo mcedit ipython3.6

и в первой строке прописываем путь к бинарнику нужной версии:

#!/usr/local/bin/python3.6