Хранить файлы конфигов (по крайней мере с приватными/локальными данными вроде доступов к БД или паролей) не стоит, нужно добавить их в .gitignore. Но чтобы легко разворачивать проект, стоит добавить в директорию с конфигами директорию _sample где хранить примеры этих конфигов, чтобы просто скопировать их наверх и отредактировать.