Если нужно установить какую-либо опцию CMake не через конфиг-файл, а просто в командной строке, надо воспользоваться опцией -D.

Например, чтобы установить переменную CMAKE_BUILD_TYPE, можно воспользоваться такой командой:

cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug .

Как видно, после имени переменной должен быть знак равно "=" и после него задается значение переменной.

Через опцию -D можно задавать несколько переменных:

cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug -DCMAKE_INCLUDE_PATH="/opt/lib1:/opt/lib2" .

Значения переменных, заданных через опцию -D, имеют приоритет над переменными, прописанными в файле проекта CMakeLists.txt.