Иногда для захвата видео нужно указать идентификатор X-окна, с кторого будет захватываться видео. Узнать идентификатор X-окна можно командой:

xwininfo | grep "Window id" | awk '{print $4}'

После запуска этой команды появится курсор с крестиком, и им нужно кликнуть на заголовок интересуемого окна.

Результат будет примерно такой:

0x3c0000f

В программе recordmydesktop идентификатор окна указывается с помощью опции --windowid. Идентификатор указывается в полной HEX записи, то есть в начале обязательно должно быть написано "0x". Пример вызова recordmydesktop с записью видео из конкретного окна:

recordmydesktop --windowid 0x440007a --fps 10 --no-sound --on-the-fly-encoding --v_quality 47 -o video_file