xintrea, а по какому принципу вы  меняете версии конфига?  При добавлении новых параметров, или при каких-то иных обстоятельствах?

xintrea пишет:

Тут нужно расписать, какие действия будет выполнять патч. Напишите.

Там в принципе ничего сложного нет -- в том месте где у вас выводится сообщение в консоль о том что файл не найден -- записывать некие исходные параметры в этот файл (добавив для этого в класс AppConfig соответсвующий пабликт-метод).

Плюс к этому ещё можно добавить в диалог настроек программы кнопку для сброса настроек в значения по умолчанию.

Симпатичная  прога, скорее всего буду юзать её вместо тяжеловесных KDE|GnOME-based аналогов. 

xintrea, вы сторонние патчи принимаете? Могу впилить  обход бага с отсутствующим  conf.ini при первом запуске. Ну и с более  правильным "установщиком" под  Linux.

p.s. ник ваш знакомым показался smile Вы на  prog.org.ru случаем не зарегены?