имеем 2 версии:

- php-cli

- apache-mod-php / php-fpm

для настроек раздельные файлы:

/etc/php5/cli/php.ini

/etc/php5/apache2/php.ini

в обоих случаях можно обозначать переменные в самом скрипте:

ini_set("memory_limit","256M");

ini_set('display_errors',1);

В случае апача можно назначать настройки в .htaccess:

php_value mbstring.internal_encoding CP1251

php_value max_execution_time 180