Компилировать можно все файлы одновременно одной командой, перечисляя составные файлы через пробел после ключа -c:

gcc -c main.c f1.c f2.c

Или каждый файл в отдельности:

gcc -c f1.c

gcc -c f2.c

gcc -c main.c

В результате работы компилятора мы получим три отдельных объектных файла:

main.o

f1.o

f2.o

Чтобы их собрать в один файл с помощью gcc надо использовать ключ -o, при этом линкер соберет все файлы в один:

gcc main.o f1.o f2.o -o rezult