Если checkinstall по какой-то причине работает неправильно, можно пакет создавать вручную.

Для это можно сделать следующее.

1. Создать новую директорию, например /tmp/package

2. Находясь в каталоге с исходниками, выполнить команду

make install DESTDIR=/tmp/package

3. Зайти в каталог /tmp/package и выполнить команду

dpkg-deb -b package_name.deb

В результате будет собран deb-пакет, который можно установить через пакетную систему Debian-based дистрибутива.